Oyun Batman'in Joker'i yakaladıktan sonra Arkham Asylum'a götürmesiyle başlar. Joker'in kalacakları odanın önüne geldiklerinde iki güvenlik görevlisi Joker'i götürmek üzere alırlar. Joker yürürken ayağı kayar ve güvenlik görevlileri onu kaldırmaya çalışırken Joker güvenlik görevlilerini öldürür ve kaçar. Sonradan James Gordon'u kaçırması ve ordu kurmaya çalışması gibi olaylar olur. Oyunun sonlarına doğru Batman'in öngöremediği ve Joker zekasını zorladığı birçok olay ortaya çıkar.